Francisco de Javier nació en el castillo de Javier ubicado en la localidad de Javier, Navarra, entonces reino independiente y actualmente España, el 7 de abril de 1506 en el seno de una familia noble. Su padre, Juan de Jaso, era Presidente del Real Consejo de Juan III de Albret. Su madre fue María de Azpilicueta y pertenecía a una noble familia de la que formaba parte Martín de Azpilicueta el llamado doctor navarrus. Era el benjamín de cinco hermanos: Magdalena, Ana, Miguel, Juan y él mismo.

Su niñez estuvo marcada por los hechos históricos que conllevaron a la pérdida de la independencia al reino de Navarra, y su familia estuvo muy involucrada en dichos hechos. Su casa natal fue lugar de encuentro de los partidarios de los Albret y sufrió la revancha de la pérdida. Sus hermanos, miembros del ejército de Juan III, fueron encarcelados por ello. Estas circunstancias pudieron ser la causa de la determinación de Francisco por el estudio religioso. Francisco de Javier realizó sus viajes evangelizadores bajo pabellón portugués.